Free Access
Issue
J. Chim. Phys.
Volume 96, Number 1, January 1999
Page(s) 152 - 161
DOI https://doi.org/10.1051/jcp:1999124
J. Chim. Phys. Vol. 96, N°1  p. 152-161
DOI: 10.1051/jcp:1999124

Optimisation of Arabidopsis thaliana DNA extraction for the analysis of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine formation after gamma irradiation

Dany A. L.1, 2, Triantaphylidès C.2, Cadet J.1 and Douki T.1

1  Département de Recherche Fondamentale sur la Matière Condensée, SCIB, Laboratoire des Lésions des Acides Nucléiques, CEA Grenoble, 17 avenue des Martyrs, 38054 Grenoble cedex 9, France
2  Département d'Ecophysiologie Végétale et de Microbiologie, Laboratoire de Radiobiologie Végétale, CEA Cadarache, 13108 Saint Paul Lez Durance, France


Abstract
8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodGuo) is a major oxidative DNA lesion. Plant DNA extraction protocols were improved in order to quantify 8-oxodGuo in the overall DNA of a cell suspension of Arabidopsis thaliana using the method of high performance liquid chromatography with electrochemical detection (HPLC-EC). Our results show that DNA can be artefactually oxidised during the extraction procedure. Metal chelating agents were efficient to decrease the 8-oxodGuo background level to $3.3 \pm 0.1 8$-oxodGuo/105Gua and to improve experiment reproducibility. It was observed that DNA guanine oxidation in plant cells by $\gamma$-rays is very low in vivo (15 8-oxodGuo/109Gua formation per Gy).


Résumé
La 8-oxo-7,8-dihydro-2'-désoxyguanosine (8-oxodGuo) est une lésion oxydative majeure de l'ADN. Divers protocoles d'extraction d'ADN végétal ont été optimisés dans le but de quantifier la 8-oxodGuo dans l'ADN total d'une suspension cellulaire d'Arabidopsis thaliana en utilisant la chromatographie liquide haute pérformance couplée à un détecteur électrochimique (CLHP-EC). Nos résultats montrent que l'ADN peut être oxydé artéfactuellement au cours de son extraction. L'utilisation de chélateurs de métaux permet de réduire le niveau de base de 8-oxodGuo à 3,3$\pm$0,1 8-oxodGuo/105Gua et d'augmenter la reproductibilité des expériences. L'étude des effets des rayons $\gamma$ sur les cellules de plantes a mis en évidence que l'oxydation de la guanine de l'ADN est très faible in vivo (formation de 15 8-oxodGuo/109Gua par Gy).


Key words: plant DNA extraction, 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine, gamma irradiation


© EDP Sciences 1999

Current usage metrics show cumulative count of Article Views (full-text article views including HTML views, PDF and ePub downloads, according to the available data) and Abstracts Views on Vision4Press platform.

Data correspond to usage on the plateform after 2015. The current usage metrics is available 48-96 hours after online publication and is updated daily on week days.

Initial download of the metrics may take a while.