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Issue
J. Chim. Phys.
Volume 95, Number 2, February 1998
Page(s) 412 - 417
DOI http://dx.doi.org/10.1051/jcp:1998153
DOI: 10.1051/jcp:1998153


J. Chim. Phys. Vol. 95, N°2  p. 412-417

31P NMR conformational studies of non-palindromic DNA duplexes related to HIV-1 enhancer

C. Tisne, C. Simenel, E. Hantz and M. Delepierre

Laboratoire de RMN, Institut Pasteur, URA 1129 du CNRS, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15, France

Abstract
Assignment of all 31P resonances of 16 base-pair DNA duplexes, $^{5'}\!$d(CTGGGGACTTTCCAGG) 3' $^{5'}\!$d(CCTGGAAAGTCCCCAG) 3', related to the DNA $\kappa$B site of the HIV-1 LTR together with a mutated sequence $^{5'}\!$d(CTGCTCACTTTCCAGG) 3' $^{5'}\!$d(CCTGGAAAGTGAGCAG) 3' was determined by 2D heteronuclear inverse NMR spectroscopy (HSQC-TOCSY and heteronuclear COSY). 3JH 3'-P coupling constants for most of the phosphates of the mutated oligomer were obtained using heteronuclear selective COSY.

Résumé
L'attribution des résonances 31P du fragment d'ADN de seize paires de base $^{5'}\!$d(CTGGGGACTTTCCAGG) 3' $^{5'}\!$d(CCTGGAAAGTCCCCAG) 3' (16N) correspondant au site $\kappa$B du LTR du HIV-1 et de la séquence mutée $^{5'}\!$d(CTGCTCACTTTCCAGG) 3' $^{5'}\!$d(CCTGGAAAGTGAGCAG) 3' (16M) a été déterminée à l'aide de méthodes 2D hétéronucléaires à détection indirecte (HSQC-TOCSY et COSY hétéronucléaires). Les constantes de couplage 3JH 3'-P ont été mesurées pour la plupart des phosphates de 16 M à l'aide d'expérience COSY hétéronucléaires sélectives.


Key words: 31P NMR -- DNA -- 2D selective experiments -- indirect detection
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© EDP Sciences 1998