| Issue |
J. Chim. Phys.
Volume 88, 1991
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| Page(s) | 2473 - 2478 | |
| DOI | https://doi.org/10.1051/jcp/1991882473 | |
| Published online | 29 May 2017 | |
A new Monte Carlo method to study protein structures
1 Service de Physique Théorique, France ;
2 Laboratoire d’ingénierie des Protéines, CE-Saclay, 91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France.
We introduce a new Monte Carlo method to study low energy structures of proteins (or, more generally, macromolecules). In contrast to molecular dynamics simulations, no initial guess is imposed. The method uses (i) an atom-by-atom growth procedure of the protein (ii) a protein replication procedure based on Boltzmann weights. Its application to alanine dipeptide and penta-alanine is briefly considered.
Résumé
Nous introduisons une nouvelle méthode Monte Carlo pour étudier les structures de basse énergie des protéines (ou, plus généralement, des macromolécules). Cette méthode, contrairement aux simulations de dynamique moléculaire, ne présuppose pas l’existence d’une structure initiale. Elle repose sur (i) une procédure de croissance atome-par-atome de la protéine (ii) une procédure de réplication de la protéine, liée à son poids de Boltzmann. Son application à l’alanine dipeptide et à la penta-alanine est brièvement considérée.
© Elsevier, Paris, 1991