Rational drug design via molecular dynamics simulations of HIV-1 protease inhibitor complexes

Organisch-chemisches Institut, Technische Universität München, Lichtenbergstr 4, D-8046 Garching, Germany.

Abstract

Starting from the X-ray structure of an HIV-1 protease inhibitor complex we performed Molecular Dynamics calculations to study variations in the P₁-P₁’ scissile peptide bond. Conformational changes and different binding characteristics were observed by simulating the inhibitors and a majority of the protein. Semiquantitative comparisons were made by evaluating the nonbonded interactions of the enzyme-inhibitor complexes.

Résumé

A partir de la structure du complexe entre l’inhibiteur et la protéase du HIV-1, déterminée par analyse aux rayons X. nous avons étudié, à l’aide de calculs de dynamique moléculaire, les variations du clivage de la liaison peptidique P₁-P₁’. Par modélisation informatique, nous avons analysé les changements de conformation et les caractéristiques de l’interaction inhibiteur-protéase. Nous avons fait une comparaison semi-quantitative des liaisons non-covalentes engagées par différents inhibiteurs et la protéase.