Study of the conformation in solution of the trypsin binding loop of the synthetic bis-headed inhibitor TCPI. Combination of distance geometry, distance driven dynamics and restrained molecular dynamics

¹ Centre CNRS-Inserm de Pharmacologie Endocrinologie, rue de la Cardonille, 34094 Montpellier, France ;
² Sanofi-chimie, 32, rue Marbœuf, 75006 Paris, France.

Abstract

The TCPI peptide which inhibits both trypsin and carboxypeptidase A has been chemically engineered by modification of the EETI-II inhibitor. The solution conformation of TCPI has been studied by 2D NMR and shown to be very close to those of other squash inhibitors. To evaluate the conformational mobility of the trypsin binding loop of TCPI in solution, distance driven dynamics and restrained molecular dynamics calculations were performed on distance geometry models. Only limited deviations of the binding loop from its location in the EETI-II/trypsin complex crystals were detected.

Résumé

L’inhibiteur squash EETI-II a servi de modèle à la construction du peptide chimère TCPI inhibant à la fois la trypsine et la carboxypeptidase A. La conformation en solution de TCPI a été déterminée par RMN 2D et s’est révélée très proche de celle de EETI-II complexé à la trypsine. Afin d’étudier la flexibilité de la boucle inhibitrice dans l’inhibiteur libre, nous avons réalisé des calculs par dynamique géométrique et dynamique moléculaire restreinte à partir des conformations générées par géométrie de distance. Nous avons ainsi mis en évidence en solution un déplacement limité de la boucle inhibitrice par rapport à la position occupée dans le complexe avec l’enzyme.