Molecular modeling using NOE intensity constraints

Centre de Biophysique Moléculaire, Centre National de la Recherche Scientifique, 1A, avenue de la Recherche Scientifique, 45071 Orléans Cedex 2, France.

Abstract

A new constraint potential is proposed for the refinement of the three dimensional structure of biomolecules in solution from NMR data. This potential uses directly the experimentally measured NOE intensities and avoids the intermediate steps of interproton distance estimates. It is expressed as a function of the negative inverse of the sixth power of the NOE intensities (NOE-1/6) and is added to the classical potential energy function. The properties of this new NOE constraint potential are discussed and the corresponding program coded MUNIC for Modeling Using NOE Intensity Constraints is included in the GROMOS molecular simulation program.

Résumé

Un nouveau potentiel de contrainte est proposé pour le raffinement de la structure tridimensionnelle des biomolécules en solution à partir de données RMN. Ce potentiel utilise les intensités NOE mesurées expérimentalement et évite l’étape intermédiaire de l’estimation des distances interproton. Il est exprimé en fonction de NOE-1/6 et ajouté au potentiel d’énergie classique. Les propriétés de ce nouveau potentiel sont discutées, et le programme correspondant nommé MUNIC (Modeling Using NOE Intensity Constraints) est inclus dans le logiciel de simulation moléculaire GROMOS.