Molecular mechanical study of the insertion of 9-aminoellipticine in DNA containing true abasic sites

¹ Laboratoire de Spectroscopie Biomoléculaire, UFR Biomédicale de Bobigny, Université Paris XIII, URA CNRS 1430, 74, rue Marcel Cachin, 93012 Bobigny Cedex, France ;
² Laboratoire de Biochimie-Enzymologie, UA 147 CNRS, U 140 INSERM, Institut Gustave Roussy, 94805 Villejuif Cedex, France.

Abstract

We briefly present the main results obtained by our molecular mechanical study of complexes formed between the intercalating agent 9-aminoel1ipticine (9AE) and oligonucleotides containing true abasic sites. Results are in good agreements with experimental data available on the same sequences (melting temperature measurement, NMR) and allow an analysis of different possible structures for 9AE-abasic oligonucleotide complexes.

Résumé

Nous présentons brièvement les principaux résultats que nous avons obtenu lors de notre étude par mécanique moléculaire de l’insertion d’un agent intercalant la 9-aminoellipticine (9AE) dans des oligonucléotides possédant de vrais sites abasiques. Les résultats obtenus sont en bon accord avec les données expérimentales obtenues sur les mêmes séquences (mesures de température de dénaturation, RMN) et fournissent une analyse des différentes structures possibles des complexes formés entre la 9AE et les oligonucléotides abasiques.