An integrated theoretical, methodological and experimental framework for the study of sequence-specific configurational transitions in biological macromolecules

Institut Pasteur, Unité de Physicochimie des Macromolécules Biologiques, URA 1149 du CNRS, France.

Abstract

The quantitative study of configurational transitions in biopolymers requires the conjunction of complementary methodological, algorithmic and experimental components. An integrated framework, appropriate for these studies is presented here. Through the model-problem of sequence-specific helix-coil transitions in DNA molecules, we detail the rationale of this overall scheme, outlining the flexible articulation between the various developped components. The appropriateness of the framework for generalizations to various complex configurational transitions in large macromolecular systems is further evidenced.

Résumé

Un environnement intégré, adapté à l’étude des transitions conformationnelles dans les biopolymères est développé en s’appuyant sur le traitement d’un certain nombre de problèmes-modèles. Cet environnement repose très largement sur l’articulation flexible entre un certain nombre de composantes méthodologiques, algorithmiques et expérimentales. Nous détaillons ici la logique globale de ce schéma, en l’illustrant par un problème type, celui des transitions hélice-pelote dans les molécules d’ADN de séquences connues. Des perspectives de généralisations à des systèmes macromoléculaires de grande taille sont mises en évidence.