L'attaque radiolytique de l'ADN est modulée par la conformation. Simulation Monte Carlo

Radiolytic attack of DNA is modulated by DNA conformation. Monte Carlo simulation

¹ Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, rue Charles-Sadron, 45071 Orléans cedex 2, France
² Institut de Physique Nucléaire, Département de Dosimétrie des Rayonnements, Na Truhlárce 39, 18086 Prague 8, République Tchèque
³ Université d'Orléans, BP. 6759, 45067 Orléans cedex 2, France

Résumé

Pour étudier l'influence de la structure de l'ADN sur la probabilité d'induire des coupures simple brin par les radiations ionisantes, l'attaque par les radicaux OH est simulée par la méthode de Monte Carlo. Nous avons calculé les probabilités relatives de réaction du radical OH en tous les sites réactifs a) d'un fragment d'ADN en forme B incluant des séquences AATT et AAATT, et b) d'une molécule d'ADN formant un quadruplex monomoléculaire [ G₄(T₄G₄)₃] et du duplex correspondant en forme B. Les résultats de nos simulation sont confrontés aux données expérimentales et l'effet des variations structurales de l'ADN sur le rendement de coupure simple brin a été discuté.

Abstract

To study the influence of DNA structure on the probability of single strand breaks induction by ionising radiations, the attack by OH radicals is simulated by the Monte Carlo method. We have calculated the relative probabilities of OH radical reaction with all the reactive sites of: a) a DNA fragment in B form, containing the sequences AATT and AAATT, and b) an intramolecular DNA quadruplex [ G₄(T₄G₄)₃] and the corresponding duplex in B form. The results of our simulations are compared to the experimental values, and the effect of DNA structural variations on single strand breaks yield is discussed.