Monte-carlo study of motions for a flexible macromolecule in the presence of fixed obstacles

Faculté des Sciences, Service de Physique des Solides, 91 -Orsay, France.

Abstract

We study the brownian motion of a chain with N points (20 ≤ N ≤ 140) moving on a two dimensional hexagonal lattice. Certain points on the lattice (« obstacles ») cannot be crossed by the chain. We find a rather good convergence for the correlation function <P(v)P(t)> of the end-to-end vector, suggesting that the renewal time for chain conformation Tr is proportional to N^2.8. On the other hand, for the self diffusion coefficient, the convergence is not very fast, and prohibitive calculational times would be required to obtain a reliable exponent.

Résumé

On étudie le mouvement brownien d’une chaîne de N points (20 ≤ N ≤ 140) qui se déplace sur un réseau hexagonal à deux dimensions. Certains points du réseau (« obstacles ») ne peuvent pas être occupés par la chaîne. La fonction de corrélation < P(v)P(t) > du vecteur joignant les extrémités de la chaîne converge assez rapidement, suggérant que le temps de renouvellement pour la conformation de la chaîne Tr est proportionnel à N^2.8. D’autre part, pour le coefficient de self diffusion, la convergence n’est pas rapide, et les temps de calcul seraient trop longs pour obtenir des résultats avec plus de précision.