Simulation of radiation effect in DNA. Influence of the hydration shell

CPAT, université Paul-Sabatier, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse cedex, France.

Abstract

With molecular simulation and data issued from nucleic acid hydration studies, we set up hydration shells around a DNA strand. Using an original radiation transport method in heterogeneous medium, we show that hydration shells influence chemical diffusion and damage to DNA and modify the ratio of direct to indirect effect.

Résumé

Grâce aux données issues des travaux sur l’hydratation des acides nucléiques, et par l’utilisation de la simulation moléculaire, nous avons réalisé l’étude de l’hydratation d’un brin ADN. En proposant un modèle de transport du rayonnement dans ce milieu hétérogène, nous montrons que la prise en compte des couches d’eau influencent les diffusions chimiques et les dommages finaux sur l’ADN et modifient le rapport effet direct / indirect.