Measurement of oxidized bases in DNA. Comparison between HPLC-EC and GC-MS assays

¹ Département de recherche fondamentale sur la matière condensée, SCIB, laboratoire des lésions des acides nucléiques, CEA Grenoble, 17 avenue des Martyrs, 38054 Grenoble cedex 9, France.
² Nestlé Research Centre, Vers-Chez-Les-Blanc, 1000 Lausanne 26, Suisse.

Abstract

The detection of oxidized bases in cellular DNA is a challenging problem due to the sensitivity required that should be high enough in order to detect one modification per 106 DNA bases. In this respect, gas chromatography mass spectrometry (GC-MS) has been extensively used during the last ten years. However, comparison of the results obtained by this method and those inferred from high performance liquid chromatography analyses coupled with an electrochemical detection (HPLC-EC) indicated an overestimation in the level of the oxidized DNA bases in the GC-MS

Résumé

La détection des bases oxydées dans l'ADN cellulaire constitue un défi analytique puisque la sensibilité requise doit être de l'ordre d'une modification pour un million de bases normales. Dans ce but, la chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (CG-SM) a été très utilisée au cours de ces dernières années. Néanmoins, la comparaison des résultats obtenus par cette technique, avec ceux résultant de la mise en oeuvre d'autres méthodes comme la chromatographie liquide haute performance couplée à une détection ampérométrique (CLHP-EC), faisait apparaitre une surestimation de la quantité de bases oxydées dans les analyses par CG-SM. L'étude comparative des deux méthodes nous a permis de démontrer que cette surestimation était due à une oxydation artéfactuelle des bases de l'ADN durant l'étape de dérivation nécessaire avant l'analyse par CG-SM. Cette oxydation peut-être évitée par une purification préalable des bases modifiées avant l'étape de dérivation. Dans ces conditions, les résultats obtenus sont comparables à ceux donnés par la méthode CLHP-EC.