³¹P NMR conformational studies of non-palindromic DNA duplexes related to HIV-1 enhancer

Laboratoire de RMN, Institut Pasteur, URA 1129 du CNRS, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15, France

Abstract

Assignment of all ³¹P resonances of 16 base-pair DNA duplexes, ^5'd(CTGGGGACTTTCCAGG)^{3' 5'}d(CCTGGAAAGTCCCCAG)^3', related to the DNA κB site of the HIV-1 LTR together with a mutated sequence ^5'd(CTGCTCACTTTCCAGG)^{3' 5'}d(CCTGGAAAGTGAGCAG)^3' was determined by 2D heteronuclear inverse NMR spectroscopy (HSQC-TOCSY and heteronuclear COSY). ³JH_3'-P coupling constants for most of the phosphates of the mutated oligomer were obtained using heteronuclear selective COSY.

Résumé

L'attribution des résonances ³¹P du fragment d'ADN de seize paires de base ^5'd(CTGGGGACTTTCCAGG)^{3' 5'}d(CCTGGAAAGTCCCCAG)^3' (16N) correspondant au site κB du LTR du HIV-1 et de la séquence mutée ^5'd(CTGCTCACTTTCCAGG)^{3' 5'}d(CCTGGAAAGTGAGCAG)^3' (16M) a été déterminée à l'aide de méthodes 2D hétéronucléaires à détection indirecte (HSQC-TOCSY et COSY hétéronucléaires). Les constantes de couplage ³JH_3'-P ont été mesurées pour la plupart des phosphates de 16 M à l'aide d'expérience COSY hétéronucléaires sélectives.