Topology and the quest for structural knowledge

Institut de Topologie et de Dynamique des Systèmes de l’université Paris 7, associé au CNRS, URA 34, 1, rue Guy de la Brosse, 75005 Paris, France.

Abstract

The atom distance Topological Indices (TI) and the ordered shells of atoms yield different approximations of the Structural Environment (SE). A partial survey of these two aspects of topology is provided, together with some insight into orthogonal TIs, the MAM autocorrelation method and the DARC topo-information theories. We discuss the generation of partition of SE into structures and structure population, as well as some symmetry factors based on permutational topochromatic symmetry groups. Applications in chemistry and drug design are provided.

Résumé

Les descriptions de l’Environnement Structural (SE) par les indices de distances (TI) et les couches ordonnées des atomes conduisent à différentes approximations. Une revue est conduite sur ces aspects. On souligne la portée des TI orthogonaux, de la méthode MAM d’autocorrélation et des théories DARC de topo-information. La création de partitions de SE et de populations structurales est discutée et étendue par l’utilisation de groupes topochromatiques de symétrie. Les exemples sont pris en chimie et dans le drug design.