Conformation of macrolides antibiotics bound to ribosomes as determined from transferred nuclear Overhauser effect spectroscopy

¹ Université René Descartes-Paris V, Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques, URA 400 du CNRS, 45 rue des Saint-Pères, 75270 Paris cedex 06, France
² Université Denis Diderot-Paris VII, UFR Chimie, 2 place Jussieu, 75251 Paris cedex 05, France

Abstract

The ribosomal bound conformation of 14-membered-ring macrolides roxithromycin, erythromycin A and their methylated derivatives has been elucidated from study of the macrolide-ribosome interactions using transferred nuclear Overhauser effect (TRNOE). Only one specific conformation is preferred in the bound state. The bioactive macrolide antibiotics studied displayed a strong NMR response, while their inactive major metabolites displayed blank TRNOESY spectrum. TRNOE analysis established correlation between the bound state conformation of these active compounds and the major conformation (A1a) in solution.

Résumé

La conformation liée au ribosome des antibiotiques macrolides tels que la roxithromycine, l'érythromycine A et leurs dérivés méthylés a été déterminée en utilisant l'expérience d'effet nucléaire Overhauser transféré (TRNOE). Une seule conformation spécifique est préférée dans l'état lié. Les antibiotiques macrolides actifs étudiés donnent une bonne réponse RMN alors que leurs métabolites, qui sont inactifs, présentent un spectre TRNOESY vide. L'analyse des TRNOEs établit une corrélation entre la conformation liée de ses composés actifs et la conformation (A1a) majoritaire en solution.